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とある事情で、港区の人工島ポートアイランドにある月光館学園高等部へ編入することになった主人公の少年
彼が学生寮に入居した数日後、謎の怪物の襲撃を受ける
その襲撃で図らずも「ペルソナ」と呼ばれる心の力に目覚めた少年は、同じくぺルソナ能力者が集う組織、特別課外活動部（S.E.E.S.）に加入することになり、仲間たちと共に世界の謎に立ち向かうこととなる
一日の終わり、午前零時に人知れず存在する空白の時間「影時間」そこに棲む「シャドウ」と呼ばれる謎の怪物
怪物に襲われ、まともな精神活動を送れなくなる「影人間」の増加
謎を追い、シャドウ討伐のために、戦いを重ねていく特別課外活動部
果たして彼を待ち受ける運命とは……
