Wolfenstein: The New Order

まず前提として、投入した結晶やシリンダーの効果のうち純度が100%未満のものはシリンダーになり、純度が100%を超えたものはジェムになります。
そして200%を超えると1ランク上のジェムができます。
「投入段階で効果の純度が100%を超えると強制的にクラフトへ移行してしまう」というのも大事なポイントです。
なので、100%を超えないギリギリの純度のシリンダーを用意するのが重要です。
ややこしいですが以下に具体的な手順を示します。

結晶A（HP40、素早さ30）、結晶B（HP40、素早さ40）、結晶C（HP20、防御50)、結晶D(HP60、防御30）があったとして、HPのジェムを作りたいと仮定します。
これらの結晶をそのまま使ってクラフトした場合、最もHPの数値が高くなる組み合わせはA+B+Dの140%です。
（この場合ABDもしくはBADという順番で投入するのが重要です。先にDを投入するとAかBを投入した時点で数値が100%になってしまい、強制的にクラフトされます）
140%から200%まで上げられる確率は高くないですし、上記の組み合わせだと素早さ70と防御30の余分な効果まで一緒にクラフトされてしまうので
クラフトによる上昇率は分散されてしまい確率は更に下がってしまいます。
なのでこの場合、まずはHPの数値が100%を超えない組み合わせでクラフトして、シリンダー化する必要があります。
（シリンダー化する際にも多少数値は上がってしまいますので、100%を超えないように気をつけましょう。強火が苦手なキャラやとろ火が得意なキャラを使うのがコツです）
A+B,C+Dという組み合わせならHP80のシリンダーが2つできる計算になります。
仮にシリンダー化する際に数値が5%ずつ上がったとして、上記の組み合わせだとHP85のシリンダーが2つ、素早さ75のシリンダーが1つ、防御85のシリンダーが1つできます。
HP85のシリンダー2つを使うと170%からスタートでき、余計な効果が投入されていないので%の上昇量＆上昇率も大きくなり、高確率で200%以上まで上げられるでしょう。

長々と説明しましたが、序盤は手に入る結晶のランクが低く、作成できるジェムもしょぼいものばかりです。また、クラフトを成功させるには仲間とのキズナ値の高さが不可欠ですが、序盤は仲間とのキズナ値も低いです。
なので本格的なジェム作成は、高ランクの結晶が手に入るようになり、仲間とのキズナ値が高くなってきた中盤以降に行うのがいいと思います。