キングダム 一騎闘千の剣

王様とイェンシッドがアクアについてどこまで把握しているのかは現時点では不明です。ただ、おっしゃるように2人の会話から何らかの情報は掴んでいると思われます。
王様は『キングダムハーツ?』のほとんどを闇の世界での冒険に費やしていましたからね。もしかしたらアクアと再会出来ていたのかもしれません。
もし合流出来ていたら王様は連れ帰ろうとするだろうし、アクアも帰りたいでしょう。そうしないということは何か理由があって彼女は闇の世界に留まっているか、脱出できない状態に置かれていると思われます。

『Re:coded』にて王様はソラの中にヴェンの心が宿っていることに気づきました。そこで「じゃあ、ヴェンの肉体はどこに？」とならずに「あとはテラだけか」と捜索対象が絞られた点を考慮すると、肉体の位置も特定済み？
先に書いたようにアクアと再会していて、ヴェンの肉体のありかについて聞いていたのかもしれませんね。

ちなみにアクア本人は少なくとも『キングダムハーツ?』のエンディング直後までは闇の世界を彷徨っていたことが確認されています。

ソラとリクが闇の海岸に到着、光の世界へ帰還
↓
生きていた賢者アンセムが海岸に来て座り込む
↓
アクアも海岸に来てアンセムと出会う

こんな感じですれ違っています。
闇の世界には時間の概念が無いので、光の世界側から見てこの3つの出来事にどれくらい間が空いているのかは分かりませんけどね。