質問って言うより前の自分の質問の回答です。
以前、3ARC INTELを打ってしまってトロフィーが取れない質問をしましたが、PS3はゲームデータリセットするとトロフィー取れました(キャンペーンとFIVEもリセットされるけど)
マルチのデータは消えませんでした。
参考にどーぞ!