ポケットモンスター エメラルド

出現するポケモンの分布と出現率が多少異なっています。

物語の大筋は同じですが、エメラルドでは、マグマ団とアクア団の２つがからんできます。主人公は両方の組織の行動を阻止するイベントを何度かすることになります。ルビー・サファイアになかった場所の攻略をすることもあります。
この結果、グラードンとカイオーガの両方がめざめてしまいますから、２体のポケモンとバトルすることが可能になります。（もちろん、２体ともゲットできるチャンスがあるわけです）

一部のジム・リーダーとチャンピオンが変更されています。

殿堂入りの後、ポケモンバトルのいろんなものを楽しむための場所：バトルフロンティアに行くことができるようになります。

コンテスト会場が特定の場所（ミナモシティ）だけで行われます。

殿堂入りの後、ＴＶを見て、母親との会話をする場面で「赤？青？」のいずれを選択したかによって、ラティアス・ラティオスのどちらが出現するか決まります。

殿堂入りの後、サファリゾーンが拡張され、そこで、金・銀時代のなつかしいポケモンの一部をゲットできるようになります。

殿堂入りの前後を通じて、「化石」は２種とも入手可能です。

ポケモンのとくせいによって、通常の移動時にもなんらかの影響が起きることがある・・・という追加がありました。

デオキシスを持っている場合はスピード・フォルムになります。

う〜ん、細かい点では、まだまだ違いがあるだろうと思います。

そうですね。
細かいところですと、きのみの特性追加もありますね。なつき度と引き換えに努力値が下がる効果が付きました。

話題のボルテッカーのあるピチューも誕生させられます。

配布チケットの受け取りできる種類が多くなります。
しんぴのチケットや古びた海図などです。

ワイヤレスアダプタもルビーサファイアにはなく、エメラルドにある・・ですよね。

ほかにもあるかもしれません。