まず、チャンピオンに勝って、クリアします。
船に乗れるようになります。
カイナシティの船に乗る場所にいる男性が、「船を安全に運航するためには、天候を把握していないといけない。最近の異変については、お天気研究所に行くと詳しくおしえてくれる」という意味の発言をしています。
お天気研究所に行って、2Fにいる学者から、今なにかおきていないかを聞きます。(話かければOK)
私の場合は「105水道で大雨がふっている」と言われました。
この場合は、カイオーガをゲットするパーティで、ダイビングできるポケモンをつれて、言われた場所に行きます。すると、雨が降っていて、普通ならないはずの「深い海底」マークが見つかります。ダイビングすると、カイオーガがいる洞窟に入ることが可能です。
グラードンの場合は、XXXでひでりがおきていると教えられます。その場所に行きます。私の場合、普通ならないはずの「山の洞窟のいりぐち」がありました。入ると、グラードンがいる洞窟に行くことができました。
カイオーガ・グラードンをゲットすると、天気はもとにもどり、穴や深淵は消失します。
また、聞いた話では、異変が起きる場所は、時間とともに移動するそうですから、お天気研究所で場所を聞いてからでかけてください。