ポケットモンスター ホワイト

実は最近妹が中古でホワイトを買いました。

中古なので記録があったんですが、その記録に色違いやレベル100、伝説ポケがたくさんいたので、もったいないと思い、自分のソフトに移すことにしました。
しかし、移した後に改造疑いが出てきました。

まず、手に入るはずのないメロエッタやケルディオ、ゲノセクトがいる。

他にも、デオキシスが二匹、レベル1のアルセウス、しかもそのソフトのマスターボールが600個以上ありました。

そこで、質問なんですが、
(1)改造ポケモンを手に入れてしまった自分のソフトはどうなりますか？

また、これらのポケモンはどうしたら良いですか？

(2)無事に妹がはじめからしましたが、改造ソフトをはじめからしたことになるので、支障はでますか？

改造ソフトだとしたら、売られてたことが信じられません。

詳しく回答お願いします。