大妖怪はそれぞれその場所にキーというか攻略法があります。
序盤の3つを紹介します。
大蟇怪はへそを一閃するとクニヌシが出てきて賽の実を運んでくれます。この時クニヌシが大蟇怪に捕まらないよう注意が必要です(大蟇怪をひたすら攻撃してください)。さらに最後の賽の実は桜花も併用する必要があります(へそに桜花をして貝を外してから一閃)。ちなみにこれ一回逃すとその分回復されてしまうので頑張ってください。
鬼婆は(実は鬼婆の話は鬼火市場の掲示板?か何かに書いてあります)背中を狙うといいです。途中で妖怪を飲み込んで回復しますが、スイッチを踏みながら一閃していれば倒せます(これは背中とか気にしてたらできないです、気にせずただただ一閃しましょう)。御神墨を多めに買っていてください。
大ナマズ…はほとんどナナミが教えてくれるのですが、口を開けて襲いかかってきた時に口の中のカギヅメから桃コノハナへ蔦巻を使ってください。そこで一閃するとしばらくのあいだ攻撃できます。
電気玉を打ってくるときに一閃すると、妖気が失せるので上と同じように蔦巻を使ってください。ちなみに大ナマズが島を移動するとき、ナナミを導きますが邪魔してきます。一閃してください。
とにかく大妖怪戦では墨を多く消費します。御神墨系(物語がかなり進んでたら無限墨がベスト)大量に持っていってください。
序盤の3つを紹介しましたが、このどれかにありましたか?
無いのであればどの大妖怪が倒せないのかを言ってください。そいつの攻略あげます。