難しい質問ですが、個人的な意見でよろしければ参考にしてください。
前作は「最初の3ヶ月の間に信頼度を高めたりしながらタッグパートナーを見つけ、その後は決めたパートナーと一緒に大会→セブンスターズ討伐」といった流れです。
今作は「最初からタッグパートナーを選び、そのパートナーの信頼度を上げながらイベントをこなしてエンディングを目指す」といった感じのストーリーです。
どちらが面白そうと思うかは人によるところですが、タッグデュエルを楽しむのが目的なら最初からタッグになっていてパートナーのデッキも編集できる2でしょうか。
また、2にはデュエル以外のミニゲームも結構あり、単純にデュエルだけが目的なら少々煩わしいかもしれません(それらは必ずしもする必要はないですけどね)。逆に言えばデュエル以外にも遊ぶ要素があるので、出来ることが多いと考えれば2のほうがお得ではあります。
当然ながらカードの収録数は後に出ている2のほうが多いので、色んなデッキで楽しめる点では2の方に軍配が上がります。
更に機能面で言えば2になって改善されていたり便利になっている部分も多いので単純にその点を評価すれば2をおすすめするのですが、勿論前作は前作で楽しめる部分があるので、公式サイト等を見て細かい部分も比べてみるといいと思います。
無駄に長くなりましたが、以上です。