ペルソナ3ポータブル

向かいの花壇に３つ…
　そして、君の庭にも１つ…は、
多分、次のBOSSと戦う場所（駅）をしめしていると思います。


もうすぐ…”毒のある花”が芽を出すよ。は、
BOSSの見た目を言っていると思います

自分は「向かいの花壇」の３つはストレガの３人の事で、
「君の庭」の１つは天田の事ではないかと思います。

「毒のある花」を自分たち（特別課外活動部）に敵意を持っている存在と考えて、
今までは表立って行動していなかった（＝芽が出ていない）状態から、
積極的な妨害・敵対行動への移行（＝芽が出た）

天田の場合は、特別課外活動部にではなく内部の個人に対しての敵意・憎悪ですが、「その日」に向けての準備を始める時期に一致すると思います。

というのが私の私的見解ですが、意見・解釈は人それぞれなので参考にでもなれば幸いです。