・　有料
・　スタミナ制ではない
・　ブーストあり
・　バックアップできない（ブーストが存在するのもあって）
・　世代あり
・　チェックインあり
・　期間限定イベントあり
・　３Ｄポリゴン
・　フィールド上の施設の大きさを適切に
というのが僕の考えですが、どうでしょう？
有料ゲームでバックアップできなかったり、世代があるのは良いのでしょうか？

他にも
電波人間がダウンしても元の電波に戻ることはないが、全滅すると、最後にデンパ島を出てから手に入れたアイテムやゴールドを失う。（アイテムやゴールド数がマイナスになることもあり得る）
キャッチはフリーと同じで、捕まえにくいのは捕まえにくい。３のようにレアアンテナを簡単に手に入れられない。レアキャッチなども存在する。
リサイクルを除き、イベキャやイベントステージなどでしか手に入らないアイテムは、モンスターがドロップするなど、手に入れやすくする。
というのもどうでしょうか？