メタルギアソリッド4 一番最初の戦闘で、月光から逃げろ!みたいな事を言われたのですが、月光とはあの機械に足がついたみたいなやつですか?

それと、銃を持ってる人を倒したら、
敵だったのか!
と言われて、そいつらに攻撃されるようになりました。
これは攻撃しないほうがよかったのですか?
ストーリーを進めていくなかで、もうずっと敵対関係になってしまうのですか?
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