メタルギア ライジング リベンジェンス

グランドゼロスでの惨劇から９年、昏睡状態だったスネークはついに目を覚ます。しかし、スネークの復活を聞いたサイファーは危機感を抱いていた。そしてその日はついに来た。スネークを始末するため特殊部隊が病院に襲撃に来たのだった。足さえも動かないスネークは包帯を巻いた少年兵の助けを得ながら、共に病院からの脱出を試みる。もう少しで脱出できるその時、スネークの目に意外な人物が映った。その人物とは、スネークが若かりし頃に倒したはずのヴォルギンだったのだ。動揺するも、命がけで脱出することができたスネークは９年前の出来事への怒り、自分を殺しに来た組織への憎しみ、再び姿を現したヴォルギンへの動揺が込みあがっていた。そして彼は全てにケリをつけるため立ち上がったのだった。

まずは、スネークが9年間の昏睡状態から目覚めるところ。ＰＶにある病院から脱出を図るシナリオでしょう。病院のシーンでは横にミラーが寝ていますが病院内で敵に拘束されてしまうのでしょう。ここで、オセロットがスネーク救出にくるんだと思います。

数か月後、スネークの体力回復をまってミラー救出に出発（この前後にオタコン父への尋問が入るはず）

大きな流れとしては、アウターヘブンｘサイファー（愛国者）ｘＸＯＦになると思います。

ＭＧ１、ＭＧ２が外伝的な話だとしてもＭＧＳ１ではＦＯＸＨＯＵＮＤがＢＩＧＢＯＳＳの遺体を要求してますから、ソリッド・スネークによって、もしくはなんらかの形でＢＩＧＢＯＳＳが死ぬ（ＭＧＳ４で仮死状態にあったと判明）のは確実だと思います。

グレイ・フォックスあたりが出てくるのも今作だと思います（そろそろ出さないとつじつまが合わない）

ファントム・ペインは日本語で、四肢切断をした際に切った先の感覚があるように感じ痛みがでる幻肢痛（医療用語）です。
自らの失った左手の痛み、戦争によって死んでいった仲間たちの痛み
そういうものを背負っていつ終わるともしらない戦いに身を投じていく、そういうストーリーになると思います。

ＭＧＳ１のスタートからいって、ハッピーエンドはあり得ないですね。まぁ、シリーズ通してハッピーエンドの作品はないですが。