ポケットコロニー -かわいいアバターゲーム-

ポケモン 改造データとの通信した際の影響について
これはｂｗ２やその前の世代のソフトの話です。
ｘｙが出てるのにいまさらと思うかもしれませんが回答していただけると幸いです。 改造コードにより不正改ざんされたromと通信するとそのromも改造romになるという話を聞きました。
そこで単刀直入に聞きますが、改造されたデータと通信したデータでも消去すれば潔白なデータにもどると考えてもいいのでしょうか？
改造にも表面上のデータだけを改ざんするものとソフトそのものを改造するものなどいろいろあるようでそれによって影響の出方も変わるそうです。自分が通信した改造のデータがどのような改造をされたいたかはわかりませんがどのような場合においてもデータを消去すれば完全に綺麗な状態に戻せるでしょうか？改造を直接施したことは決してありません。
また、これはどうでもいい質問なのですが改造されたデータと通信したデータと通信したことによって改造データになるといったような間接的に改造romになってしまうことはありえるのでしょうか？
分かりづらい質問かもしれませんが、回答お願いします。