ポケットモンスターX

ミュウツーは2匹いるようです(´・ω・｀)

おそらく映画の世界とアニメは平行世界と考えた方が無難だと思います。

流石にあれだけの経験をしておきながらサトシは伝説ポケモンに会う度に初めて出会ったようなリアクションをするので、アニメと同じ世界だとすると時系列や色々な矛盾が産まれてしまうので…

伝説はアニメの世界では一体だけだと思います。ただラティオスは映画のラストで観たように何体も仲間がいるようですねw

「1種につき何個体いるのか」というのは明確に決められていませんが、伝説のポケモンとはいえ複数個体いる種が多いです。

「1種につき何個体いるのか」というのは明確に決められていませんが、伝説のポケモンとはいえ複数個体いる種が多いです。

以下は最低人数です。
サンダー：2匹？(オレンジ諸島、カントーorシンオウ)
ファイヤー：2匹(オレンジ諸島、送り火山)
フリーザー：2匹(オレンジ諸島、カントー地方)
ミュウツー：2匹(ニューアイランド→ジョウト地方、イッシュ地方)

ルギア：3匹(オレンジ諸島、うずまき島の親子)
ホウオウ：1匹
ライコウ：2匹(ジョウト、クラウンシティの色違い)
エンテイ：2匹(ジョウト、クラウンシティの色違い)
スイクン：2匹？(ジョウト→シンオウ？、クラウンシティの色違い)

レジロック：2匹(はじまりの樹、ジンダイの所持ポケ)
レジアイス：2匹(上に同じ)
レジスチル：2匹(上に同じ)
ラティアス：2匹(アルトマーレ、ジョーイの所持ポケ)
ラティオス：3匹(アルトマーレ×2、タクトの所持ポケ)
グラードン：1匹
カイオーガ：1匹？(AG本編と映画が同個体かは不明)
レックウザ：1匹？(AG、BW、映画でそれぞれ登場してるが同個体かは不明)

UMA：各1匹
ディアルガ：2匹(DP本編と映画第10作)
パルキア：2匹(上に同じ)
ギラティナ：1匹
レジギガス：2匹(テンイ村、キッサキ遺跡)
ヒードラン：3匹(過去の世界、ナツヤに保護された個体、リーグ出場者の所持ポケ)

レシラム：2匹(アイントオーク、白の遺跡)
ゼクロム：2匹(カノコ上空、アイントオーク)
コバルオン：1匹
テラキオン：1匹
ビリジオン：1匹
キュレム：1匹

ゼルネアス：2匹(オルアースの森、シャラシティ近郊)
イベルタル：1匹(オルアースの森)

ミュウ：2匹(ニューアイランド、オルドラン城)
ジラーチ：3匹(ホウエン地方、デコロラ諸島、異世界)
デオキシス：2匹(ラルースシティ、カントー地方)
マナフィ：2匹(カントー地方、異世界)
ダークライ：4匹？(アラモスタウン、新月島、タクト所持ポケ、異世界)
アルセウス：1匹
ビクティニ：2匹(アイントオーク、異世界)
ケルディオ：1匹
メロエッタ：2匹(BW2に登場した個体と映画短編に登場した個体)
ゲノセクト：5匹
ディアンシー：1匹

セレビィ、フィオネ、シェイミはかなり多くの個体が登場しました。

「光輪の超魔神 フーパ」の伝説・幻のポケモンはカウントしてません。
こうして見ると複数個体存在する伝説・幻のポケモンはかなり多いですね。
基本的にアニメ本編と映画の繋がりは不明ですが、14作目(レシラム・ゼクロム)だけは公式でパラレル扱いされています。

毎週のアニメと映画は繋がっていません。パラレルワールドみたいなものと考えてください。ミュウツーのことなども考えると映画と映画もパラレルワールドですよね。
だからそれぞれの世界には一体ずつなんじゃないでしょうか？

参考になれば幸いです。