こればかりは好みの問題ですかね。私はグラードンよりもカイオーガが好きなのでアルファサファイアを買いましたが。
あとは出てくるポケモンが違うのでそれで決めるのも良いかと。
参考までに載せておきます。
●準伝説ポケモン
オメガルビー版では青の伝説ポケモンのラティオス、アルファサファイア版では赤の伝説ポケモンのラティアスを捕まえることができます。
●過去作の伝説ポケモン
オメガルビー・アルファサファイアでは過去作に登場した多くの伝説ポケモンが出現しますが、それぞれのソフトで入手できる伝説ポケモンが異なります。
オメガルビーでは
ホウオウ
パルキア
レシラム
トルネロス
アルファサファイアでは
ルギア
ディアルガ
ゼクロム
ボルトロス
がそれぞれ出現します。
●野生出現ポケモン
また、道路などで出現する野生ポケモンの種類も違います。また一部のポケモンは出現率が異なります。
オメガルビーでは
クチート
ソルロック
タネボー
コノハナ
ザングース
ナゲキ
クズモー ウデッポウ
カラナクシ(にしのうみ)
マイナンの出現率が高い
イルミーゼの出現率が高い
ドガースの出現率が高い
アルファサファイアでは
ヤミラミ
ルナトーン
ハスボー
ハスブレロ
ハブネーク
ダゲキ
ウデッポウ
カラナクシ(ひがしのうみ)
プラスルの出現率が高い
バルビートの出現率が高い
ベトベターの出現率が高い
となります。
●カセキポケモン
オメガルビーとアルファサファイアでは、入手できるカセキポケモンの種類が一部異なります。
オメガルビーでは
カブト(こうらのカセキ)
タテトプス(たてのカセキ)
アーケン(はねのカセキ)
アルファサファイアでは
オムナイト(かいのカセキ)
ズガイドス(ずがいのカセキ)
プロトーガ(ふたのカセキ)
がそれぞれ手に入ります。