実況パワフルプロ野球2014

不可能です・・・・。

通算成績をいじるの？山本昌に400勝とか？ペナントをやれば成績は変わるけどそうゆう事？

前の回答者様の回答が結果的に「愛国者達」の正体です。
ですので補足として「2の時点で愛国者達の正体はどう想定されていたのか」を述べさせていただきます。

結論から言えば、アメリカの文化・常識といった「アメリカを形作るもの」。
アメリカ人の意思やそれらがいままでに作り上げてきたアメリカの歴史・社会・秩序の総称が「愛国者達」。
「愛国者達」とはアメリカ人のミームから生まれ、成り立つもの。
ですので、ある組織やAIといった「特定の存在」ではありません。
大佐のAIなどは「愛国者達そのもの」ではなく、それら「実体のないもの」が雷電ら人間に干渉するための媒体でしかないと考えられます。

日本で言えば、「大和魂」が愛国者達の一部に当てはまるでしょうか。

「愛国者達」はアメリカ人の歴史から生まれたものですが、
秩序の側が「アメリカを良くする」ためには人類に任せてはいけないという結論に至り、
S3計画のように人類・社会を管理するという逆の立場になったと言えます。

そのため「愛国者達」を倒すためにはアメリカという国や存在を滅ぼさなければならない。
当然そんなことは不可能で、2の後味の悪さの原因はここにあります。
その中でもスネークの言葉の通り「自分の信じるものが大切だ」というメッセージで２は幕を閉じます。

とても倒せる敵ではないですが、続編を作らなければいけないといった状況で、
結果的に「ゼロの思想から派生したAI」という「倒せる敵」に変更されたのではないかと思います。

書いていて自分でもピンと来ませんでしたが、
「そういった”実体の掴めなさ”も愛国者達である」といった小島監督のねらいがあると思います。