デジモンリンクス

余談ですがなぜその写真をチョイスしたのか気になるところですね…。

そのデジモンにどのような役割を持たせたいか次第だと思います。
一般に幅広く使いたいのなら、弱点をなくした方が使いやすいですし、このタイプが出てきたらこの子を使いたいというのなら、使いたいタイプを強化すれば使いやすくなります。
水タイプの固有技を持っているけど、火タイプに弱い…というなら、火タイプを強化すれば抜群に使いやすくもなります。
そのデジモンをどういう状況で使いたいかに合わせて耐性変化させると良いと思いますよ。