スターオーシャン5

アンヌとエマーソンが仲間に入ることはないっていうのは、
ゲーム上、ありえないと思います。

ストーリー上は、序盤以降から常に一緒に行動していますし、
スターオーシャン２と違い、メンバーの誰かを選ぶようなゲームではないです。

ストーリーを進めれば、疑問は解決するかと思います。
ミードックには、２人が惑星調査の為、居ただけではないでしょうか？

もしかして最初にミードックに訪れた際に、宿屋の前でアンヌを見かけたから勘違いされているのでしょうか？

エマーソンとアンヌが仲間に最初に仲間になるのは、
フィデル、ミキ、フィオーレ、リリアでサンテロールに向かう東エイビット山脈・西部の道中でのお話です。

ネタばれになりそうなので大分省きますが、

最初にリリアが仲間になってからフィオーレに会いに中央レスリア向かう
↓
中央レスリアでイベント後、サンテロールに向かうことになる
↓
道中でアンヌとエマーソンが加わる

こんな感じの流れです。
たぶん、勘違いされているだけかと思われます。