機動戦士ガンダムSEED DESTINY 連合vs.Z.A.F.T.II PLUS

増援でくるキャラに信頼度の変化ありましたっけ？
経験値も入らないのでないような気がしましたが・・・
まぁわざとうったりすると減るかもですが。

すこし質問の意味がわかりませんがCPUが敵を勝手に落として信頼度が下がるということでしょうか？
確かに増援では作戦での指令を出すことができませんね。よって以下の方法しかありません。
・増援できた味方を落とす。
・仕方ないので放置
いずれにしても誰かしらの信頼度は下がると思います。
しかし、増援でくる味方はおそらく信頼度をあげられるミッションがいくつかあると思うので、増援の方を落としたほうが懸命かもしれません。
また、キラの信頼度はあげても意味ないのでキラは落としてもかまいません。