バイオハザード5 オルタナティブエディション

サブストーリーとは、ロストインナイトメアなどのことですか？
そうであれば、本編で手に入れた銃や弾や回復アイテムなどは一切持ち込み不可です。

サブストーリーはランダムにアイテムが落ちていて（多分3つパターンがある）、銃や弾や回復アイテムは基本的に拾っていくことになります。

ちなみにロストインナイトメアであれば初期アイテムは2人ともハンドガンと救急スプレーとなり、もう1つのストーリー（名前は忘れましたが）は片方がマシンガン、もう片方がハンドガンと救急スプレーとなっています。

サブストーリーは､
おまけ要素に成っておりますので､

引き継ぎは､一切､不可能です｡

基本的に無理ですね。サブストーリーだけは例外ですから。