ポケットモンスター プラチナ

努力値が入らないため弱くなります

本当です。
不思議な飴を使うと努力値が少なくなるからです。
努力値とは、ポケモンを倒すことで溜まっていく経験値と似たようなもののことです。
レベルが上がる時に大幅に能力があがります。ゲーム上ではきそポイントと呼んでいます。

正確には強くならないと言うべきだけど

弱くするアイテムではありません。
強く成長させる要因を入手できないままで、レベルだけ上がってしまうアイテムということです。

ポケモンは、経験値とは別に、バトルをして「能力」を高くするための隠されたポイントを手に入れながら成長しております。（努力値と呼ばれるもの）
「ふしぎなあめ」、「そだてやさんでレベルＵＰした」場合は、この努力値がまったく入手できませんから、強くなることができないのです。

したがって、すでに、努力値をいっぱいまで入手してしまっているポケモン（がんばりボンがもらえるポケモン）であれば、ふしぎなあめを使っても、弱くなりません。
バトルした時と同じように、強くなっていきます。