ずっともぐらを探してたのですが、見つからないまま先に進んでしまい…

結局釣ってない魚もいるし、作れてない薬や料理もあるのにボスを倒してしまい、ストーリーが終わってしまいました。

これって普通なんですか?
今からクリアすることは出来ますか?みなさんの言ってるボスラッシュとかも、さっぱりわかりません。