流星のロックマン3 ブラックエース

ブラックエースは戦略型でレッドジョーカーは力押し型のようです。

ファイナライズ時のブラックエースの能力は
クイックゲージ
フロートシューズ
エアーシューズ
オートロックオン

レッドジョーカーの能力は
ステータスガード
スーパーアーマー
です。
必殺技はブラックエースが威力５００、レッドジョーカーが威力６００です。
他の皆さんの評価によるとギガチップは若干レッドジョーカーのほうがいいようです。

上からするとレッドジョーカーのほうがいいようですがブラックエースも負けていません！

どちらが強いかという質問に答えるならレッドジョーカーのほうが強いのかもしれませんが、強さは使い方次第ですのでよく考えて自分の気に入ったほうを買って下さい。

自分はブラックエースがいいと思います

ギガ系は負けるかもしれませんが、（自分的には負けるとは思わないけど・・・）

エアシューズとフロートシューズがつくので相手がパネル変化してきても（ゼツメツメテオなど）関係ありません

個人意見ですがブラックエースのほうがカッコいいですしね 

普通のノイズチェンジは両バージョンとも確率は違えどもなれるので無視すると
おもな違いはギガクラスカード5種とファイナライズになります。

　ファイナライズはブラックエースのほうがよいと思われがちですが
　レッドジョーカーのファイナライズ能力のステータスガード以外は
　全部キズナ力消費で装備のアビリティにあるからジョーカーの方がいいです。

　以下ですべてのブラックエース版固有のファイナライズ能力が否定されます。
　オートロックオンはブライやブライノイズ以外の相手ではいいですが
　ブライやブライノイズが相手になったとき
　ロックオンカーソル破壊性能で邪魔にしかなりません。
　キズナ力消費のアビリティで入手することも可能です。

　キグナスノイズでエアーシューズ、フロートシューズは消費キズナ力の低いものが手に入る。

　クイックケージもウルフノイズで。

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　ギガは
　一つずつ解説していくと
　No.１
　ウィングブレード（ブラックエース）は全マスに当たる突っ込みです。コマンドで　
　ソードまたはバルカンで攻撃がつきます
　グレイブメテオレーザー（レッドジョーカー）は３０×１４ダメージのレーザーです。
　アタック+１０があるだけで140も威力が上がったり、対インビシブルなど役に立ちます。

　No.２
　ダークネスホール（ブラックエース）は最初のターンでカスタム画面の真ん中1番手前に出てしまうと
　ほかのカードは選べない、最初なので敵のＨＰも高く倒せないと最悪の状態になったりと今作では使い物になりません。
　デストロイミサイル（レッドジョーカー）ノーマルまたはヒビパネルにいる敵に向けて12発ミサイルが発射します。
　アタック+10での強化ができたり結構使えます。

　No.３
　サウザントキック（ブラック）相手に当たればいいですが外すと完全に無防備になるし、
　スーパーアーマー装備の敵にはほとんど無力です。
　バスターマックス（レッド）バスターの能力が最大になります。
　ウイルス戦ならこれだけでも勝てるくらい役に立ちます。

　No.４
　ブレイクカウントム（ブラック）威力600と高くＨＰも500とウイルスなどでは壊せませんが、
　ブレイク性能のある攻撃で簡単に壊れるなど通信では役に立ちません。
　オックスタックル（レッド）草むらステージやローリングナッツで威力を倍増して
　1100ダメージにできたりしますが1列しか当たらないし、
　穴パネルを超えられないので失敗することもあったりでよく動く敵には使いずらいです。
　まひやバブル、凍結などで動きを止めて使わないといけません。

　No.５
　ムーリジェクション（ブラック）2ます移動するごとに電波障壁が復活して便利ですが
　ブレイクで破壊され、復活もしなくなります。対戦では使いにくいです。
　ドッペルミラー（レッド）ブレイク性能のある攻撃で壊れます。まひなどさせて動きを
　封じてから使う必要がありそんなに使えません。