「空間さがしもの系脳力開発3D脳トレーニング」は、知能教育学をベースに知能研究所の市川希所長が監修し、3DSならではの「3D立体視で再現された空間」を使った要素が追加されている。プレーヤーは、出題されるルールにあったマトを空間の中から見つけ出し、そのマトに玉を投げて当てていくシューティングゲーム感覚で楽しめる。