とある少年によって運命が革命されてから数年後・・・・・・
強大な悪魔であるサタナディアが倒れてからも、依然、悪魔たちの絶対的な優勢は覆っておらず、天使と悪魔は血で血を洗う戦争に身を投じていた。
あるところに、ゲリラ戦術でかろうじて戦況を保っている天界があった。
そこでは対悪魔用最終兵器として『神』の研究が進められており、人間を神へと変える『運命覚醒結晶』の適合者の到来を、今か今かと待ちわびていたーー
主人公は謎の少女の導きで、運命覚醒結晶の移植者として選ばれ、神となって悪魔と戦うことになる。
幾度と無く突きつけられる『究極の選択』は、時に思わぬ人を殺し、巻き込み、理不尽な結果を残していく・・・・・・
敵に勝つため、生き残るためあがいてきた主人公は、やがて自分と親しい少女ふたりの死という状況に直面する。
助けられるのはどちらかひとり。最後に彼が選ぶ道はーー