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『ペルソナ４』のエンディングから2ヶ月後、平穏な日々を取り戻したかに見えた稲羽市に再び戦慄が走る。
再び映る『マヨナカテレビ』。そして突如開催された謎の格闘番組『P-1Grand Prix』。番組開始と同時に相次いで仲間たちが失踪してしまう。
この異常事態に『特別捜査隊』の面々は再びテレビの中へと乗り込む。テレビの中を探索する『特別捜査隊』の前に現れた少女は”対シャドウ兵器“ラビリスだった。彼女を追い『シャドウワーカー』たちもテレビの中の異世界へダイブする。この格闘大会は、ラビリスの抑圧された人格、“シャドウラビリス”の暴走が起因となっていることに気付く面々。特別捜査隊、シャドウワーカーたちの活躍により、ラビリスは自分自身と向き合い、事件は一旦は解決。しかし、一行はラビリスを使い、この事件を仕掛けた『黒幕』の存在に気付く。『黒幕』の正体とは？そして目的とは？『特別捜査隊』と『シャドウワーカー』の戦いは続くー…。
