東京で暗躍する謎の男、ファントム。彼は“適性者”と呼ばれる特殊な力を持つ若者に、F.A(Fu-mantion Artifact)という武具を与え、勝てば望みを叶えるという甘言で戦いへと誘っていた。彼の狙いは、F.Aどうしのぶつかり合いで生じた“歪み”により、封印された彼の力を取り戻すことだった。だが、その目論みは破邪の一族“稚”や、強い力を持つ適性者“美琴”たちの活躍によって失敗に終わる。しかし、危機は去ったわけではなかった。ファントムを倒さなければ、この戦いは終わらない。そして、ファントムを倒せるのは“ファントムブレイカー”として選ばれた者だけなのだ。ファントムが行方をくらませてから半年後……再び戦いの幕が開くのだった。