18世紀。
北アメリカ大陸東海岸にはイギリスによって13の植民地が形成され、先住民であるインディアンは自由を奪われた生活を余儀なくされていた。
そんな中、先住民とイギリス人の血を引くコナーは、植民地支配や少数民族に対する迫害を受ける中で、不当な仕打ちや、世界にはびこる不正を無くしていく事を決意する。
時を同じくして、イギリス領の支配にあった13 の植民地が、独立を掛けた戦いを始めた。
これが『アメリカ独立戦争』と呼ばれる戦いである。
同胞たちのため、自由のため、自らの正義のため……
コナーはさまざまな思いを胸に、戦争に参加することを決意する。