特殊背景変化

デジタル変動直後、一定確率で特殊ステージへ移行する場合がある。この演出はリーチが掛かった際に一定確率で終了する（ただし最低10回転は滞在する）ほか、途中でミッションモードに突入して中断されることもある。大当たり確率等の変更はないが、突入演出が大当たり時の演出として抽選される場合がある為、初回転でリーチが掛かれば大当たり確定となる。

ミサトの部屋
デジタル変動直後、BGMが「MISATO」に変化し、ミサトの「おかえり〜」の台詞と共に背景が「ミサトの部屋」に変わる。本作では「トースト予告」と「扉・カーテン予告」のほか、「ビール予告」が追加された。
学校
デジタル変動直後、BGMが「ASUKA STRIKES!」に変化し、ミサトの「いってらっしゃ〜い」の台詞と共に背景が「教室」に変わる。この状態になると「ミニキャラ予告」と「パソコン予告」が発生するようになる。前々作に搭載されていた「赤ペンペン」が復活した。
エヴァ格納庫
デジタル変動直後、BGMが「残酷な天使のテーゼ」に変化し、背景が「格納庫」に変われば確変大当りが確定する。本作には「初号機バージョン」と「弐号機バージョン」が存在する。ちなみに「弐号機バージョン」の方が「初号機バージョン」に比べてやや出現率が高い。