新システム

■シーカーストーン
冒険の途中、謎解きに行き詰まっても、ヒント映像でエンディングまでしっかり
サポート。どうしても倒せない敵が出てきたり、次にどう進むか分からなくなったり
したときは、リンクの家の前や時の神殿にある不思議な石「シーカーストーン」を
調べてください。また、ゲームオーバーになったときにも、ヒント映像を見ることができます。

■裏ゼルダ
2002年に発売の『ゼルダの伝説 風のタクト』の予約特典として限定配付した『ゼルダの伝説 時のオカリナGC』。その中に収録されている『ゼルダの伝説 時のオカリナGC 裏』、通称「裏ゼルダ」を収録しています。さらに今回は鏡写しの世界が舞台となっています。
「ゼルダの伝説 時のオカリナ 3D 裏」、通称「裏ゼルダ」は、全てが反転した鏡写しの世界が舞台。表の世界からダンジョンの謎解きも一新され、出現する敵の種類や数が異なるマップもあります。また、本編よりも敵から受けるダメージが2倍になっているので難易度が高くなっています。
裏ゼルダは、本編をクリア後にチャレンジすることができます。

■ボスチャレンジ
大人時代に森の神殿クリア後、コキリの森にある主人公のおうちの寝どこで過去に戦ったボスと再戦できます。ボスを倒して部屋から出るまでのタイムレコードも記録されます。