シークレットストーリー

ジャンゴ
グリーンエリア2の大木の左側を調べると、ウラインターネットゼロにいけます。
そこの奥まで進むとフォルテと戦えます。倒すと、「コウモリのカギ」を入手できます。
コウモリのカギを入手すると、アンダーグラウンド2からイモータルエリアに行けます。
上でコウモリのカギを入手した後、
アンダーグラウンド2からイモータルエリアに行けます。
その後、イモータルエリアの奥に行くと、ハクシャクとバトルになります。
このバトル後（この時ハクシャクは倒せない）ジャンゴに助けてもらって「太陽のカギ」が入手できます。ウラインターネット2からパスワードで開ける扉があって、ウラインターネット2にあるたいまつ？の数を調べてパスワード「012」を入力して、ウラインターネットゼロに行くと、すぐに太陽のカギで開けれる扉があって、そこでおてんこさまに話しかけます。
その後、イモータルエリアのハクシャクがいたところに戻ると再びバトルになります。
勝つと、ハクシャクHが入手できて、その奥でサンクチュアリZも入手できます。
フォルテ
マシーンソードを入手した状態で、ウラインターネット2のトビラを調べると、ウラインターネット3に行けます。電脳獣を倒して、スタンダードチップを100種類以上集めると、ウラインターネット3の奥から、グレイブヤードに行けます。メガクラスチップを45種類全て集めた状態で、グレイブヤード1のトビラを調べると、グレイブヤード2に行けて、スタンダードチップを200種類全て集めて、グレイブヤード2の奥まで行くと、フォルテＳＰと戦えます。倒すと、フォルテ/フォルテアナザーが入手できます。
その後、グレイブヤード2の光っている墓標を調べて、敵ナビＲＶを全て倒し、アンダーグラウンド2のカーネルと戦ったところまで行くと、獣化ロックマン・フォルテＢＸと連続バトルになります。倒すと、カーネルフォース/サイトバッチが入手できます。
電脳獣ＳＰ
タイトル画面に表示されるエンブレム6つを集めて、再び電脳獣のところに行くと、さらに強力になった電脳獣ＳＰと戦えます。6つのエンブレムは「電脳獣を倒す」「スタンタードチップコンプリート」「メガクラスチップコンプリート」「ギガクラスチップコンプリート」「プログラムアドバンスコンプリート」「フォルテSPを倒す」で入手できます。