クリア後出現ダンジョン一覧

・北風の岸辺（通常）
・キャニオン・ボトム（通常）
・世界のへそ（通常）ストーリー上のイベント有り
・幻想の砂丘（仲間に出来ない）
・静かなツンドラ（仲間に出来ない）
・夢見の島（仲間に出来ない）
・月光の森（仲間に出来ない）
・てつさび山（仲間に出来ない）
・ならくの大口（仲間に出来ない）
・大ケムリ山（仲間に出来ない）
・最果てのみさき（仲間に出来ない）
・眠りの氷穴（仲間に出来ない、お腹が減る、レベル5スタート）
・かえらずの地（仲間に出来ない、お腹が減る、道具持ち込み不可、一匹のみ、レベル5スタート）

以上がクリア後に出現するダンジョンとなってます（自分のブログからのコピペです）。また、クリア後に「不思議度」というシステムが追加され、高いと不思議な事が起きます。
・敵が全員寝ている
・敵が全員遅くなる
・出るアイテムが一種類に
・敵がいつもより強くなる
・特殊な床が出現
・不思議玉が使えない
・他のダンジョンに飛ぶ（３フロア程で戻ることが多い）
などがありました。
また、他のダンジョンが飛ぶでたまに黄金の間に飛びます。
金のリボンが相当な頻度で落ちてます。
また、トルネロス・ランドロス・ボルトロスは黄金の間などで出るらしいです。
仲間に出来ない系ダンジョンから飛ばされる黄金の間　深部での出現報告があります。
正直まだ良く分かりません。攻略本には書いてあるのでしょうか？

また、同様に飛ぶダンジョンの、地図にない道でポカブ系やキバゴ系を仲間に出来ます。
ただ、仲間にしたいならギフト推薦、飛ぶのは完全に運任せなので結構辛いです。

トルネロス系/主人公系を仲間にする場合、
せいなるタネを持って十字路でセーブ、不思議度が高いダンジョンに潜ってせいなるタネを使用して一気に進めていき他のダンジョンに飛ばなかったらリセットを繰り返すのが一番効率的みたいです。

もはや一切関係ないですが、ED後（詳細な条件不明？）にポケモンパラダイスの施設を建てていない空き地にメロエッタが出現し、ミュージックパラダイスを建てられます。
それにより拠点のBGMを変えられるらしいです。DLCの曲にも変えられたという報告ありです。