これは自分で見つけたことです
面白いものから「あっそう」なものまであります
順番はばらばらです
既出もあるかもしれませんが見逃してください

「・・・になっている」のところで、
何と比較してのことかが書かれてなかったら、
金銀と比較してのことだと思ってください

 釣りをしているとき、連れているポケモンの上に「!」が
 表示されることがある

 ポケモン交換(進化)のときのBGMが、
 DPに比べてテンポが少し速くなっている

 ウツギはかせの得意分野が「タマゴ」だったのが、
 今作では「つれあるき」になっている。

 おかあさんが「きょうかいものにいったら・・・」の電話を、
 1日に何回もかけてくる
=お母さんは1日に何回も買い物に行っている

 ヨシノシティとチョウジタウンのBGMはテンポがとりづらい

 チョウジタウンのロケットだんイベントの最中、
 チョウジ周辺でラジオを聴くと「かいでんぱ」を受信できる

 ↑のイベントで、アジトの監視システムのスイッチは、
 けんきゅういんと戦闘しないでも、横から操作できる

 スリバチやまが明るくなっている

 いかりまんじゅうが食べられない(たいせつなものに分類される)

 ラジオとうのイベントの最中ラジオを聴くと、
 ロケットだんせんげんが聴けるが、このときチューナーの◎を、
 円周に沿って動かしていくと、少し変わったBGMになる
 (タタタララッタッタッタッタッタン!)

 トージョウのたきの左側の滝の裏に入れるところがある
 入ると、「ならない ラジオが ある……」
http://jp.wazap.com/cheat/%E3%82%B5%E3%82%AB%E3%82%AD%E3%81%A8%E6%88%A6%E3%81%88%E3%82%8B/475850/
みつけました
 
 ラジオの「ジョウトじけんぼ ファイル4(?)」では、
 「トージョウのたきの奥から・・・きこえる」といっている

 さらに、そのラジオの部屋の出口近くに行くと、滝の音が聞こえる

 それに限らず、水辺の音は凝っている

 エレベーターの窓の外では、移動した階数分だけ蛍光灯が動く

 フラッシュがひでんわざではなくなっている

 うずしおを使っても、渦は消えなくなっている

 スズのとうのてっぺんからそらをとぶを使うと
 ちょっと変

 コガネのロケットだんイベント中、
 ロケットだんに変装してじてんしゃに乗ったり、
 そらをとぶを使おうとすると、それどころじゃない

 (追加9/27)23ばんどうろが存在しない
 
 タマムシマンションの屋上には部屋があるが、
 外から見ると、ない

 (追加9/28)ヤマブキのモノマネむすめのいえ2階には、
 はなの形をしたポケモンが2ひきいる
 「はな」違い

 育て屋の庭に入れなくなっている

 又見つけ次第追加します

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